Aunque representan una porción reducida de la superficie del parque, los humedales son puntos clave de biodiversidad en medio de la estepa patagónica, funcionando como reservorios de agua, sitios de alimentación, refugio y reproducción para diversas especies adaptadas a condiciones extremas.

Los ambientes húmedos más destacados dentro del área protegida —como los mallines El Cuadro y La Horqueta— se forman por la acumulación de agua de lluvia y escurrimiento superficial, lo que favorece suelos más fértiles cubiertos por juncos, ciperáceas y gramíneas que no suelen encontrarse en la estepa circundante.

Estas zonas acuáticas sirven de habitat para especies singulares, incluyendo la ranita de cuatro ojos, crustáceos como los notostracos, y aves palustres que utilizan los cuerpos de agua temporales —como la Laguna Grande y El Baldío— para alimentarse, reproducirse y descansar, en especial durante las etapas migratorias.

También se registran pequeños mamíferos como la comadrejita patagónica, fauna que se encuentra en lugares donde la disponibilidad de agua y vegetación es crítica para su supervivencia.

Desde la gestión ambiental y de guardaparques, se realizan monitoreos periódicos de fauna y censos de aves acuáticas en estas áreas, con el objetivo de contar con datos científicos que permitan fortalecer los esfuerzos de conservación y manejo sostenible de estos ecosistemas tan valiosos y frágiles.

Los humedales, aunque pequeños, son esenciales para mantener procesos ecológicos que sostienen la vida en medio de la aridez patagónica, ya que protegen el agua, la biodiversidad y el patrimonio natural de esta región única del país.